Ich denke auch letzteres:
Das FBI hat Wind bekommen von der Standartkurve...das kam vor allem dem Mulder verdächtig vor! 
Also hat er Scully undercover als Mel hingeschickt - weil fällt dann nicht so auf, sieht fast aus wie normal. Sozusagen wie wenn Micha neue Bauteile seinen Probanten zur Verfügung stellt und unter Laborbedingungen testet!
Denn in Wirklichkeit ist Micha nämlich von dem Syndikat die den Impstoff herstellen. Und diese Skeed Geschichte ist nur der Deckmantel dafür! 
Also ich habe damit Rätsel gelöst!
Ich befreie dann in Bitburg die Mel! 
Den Micha nehmen wir fest, damit er nicht mehr Leute in die Standartkurve lockt! 
Dann müssen wir nur noch deinen Clon entlarven! Und schon haben wir die Welt gerettet. 
...hab ich zuviel X-files geschaut? 