Was ich so in Erfahrung bringen konnte:
- My 2006 soft top latches are much different than the hardtop latches. My hardtop latches are worn out (i think). Alot of lateral movement and the hooks are loose. I tried switching to the softtop latches and they don't work at all. They have the same bolt pattern but the hook is much longer. I am going to try out some new ones.
06' Softtop-Verriegelung auf Hardtop = n.i.O (was eigentlich klar war) --> Softtop Verriegelung hat längere Verschlusshaken und laut Bildern, auch generell etwas länger von den Außenmaßen.
- I've used my hardtop latches on my softop ( removed hardtop for a while) and worked perfectly if not better cuz my old softop ones were worn. So yes u can use them on your softop , I have an 01 btw.
01' Hardtop-Verriegelung an Softtop-Striker = i.O.
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I had a 04 silver s2k which I bought a used hardtop from, I never got any new strikers (the ones that are attached to the windshield area in your car), and it fit perfectly, no wind, no rattles... I just sold that car. Forward to now, I have a white 05 s2k and I just picked up another oem hardtop from another member. I did not get any new strikers but now when I put on the oem HT, there is a lot of noticeable rattle and wind when I go above 40MPH. I initially thought it was the latches, so I tried to swap my soft top latch with the hardtop latch... that made no difference and I also noticed the hardtop latches says on them FOR HARDTOP USE ONLY... doh... so now I'm stuck, is it the strikers that need replacing? The soft top that I have on now has no wind or rattles, so why would the hard top have it when its on the same strikers?
04' Softtop-Striker an Hardtop-Verriegelung = i.O.
Warum das HT dann beim 05'er Geräusche macht liegt sehr wahrscheinlich an der verschlissenen Hartdtop-Verriegelung.
Für mich ist die Sache eigentlich soweit klar. Die Hardtop-Striker sind "nur" für Bj. 2000-2002. Weil diese die Softtop-Verriegelung mit den dünneren Verschlußhaken haben. Die Haken der Verriegelung waren damals kleiner/schmäler wie die ab Bj. 2003. Kann auch gut sein das Sie sich in der Länge etwas unterscheiden.
Übrigens, der Service Bulletin zu den Verdeckgeräuschen gibt den Fix mit den HT-Strikern auch nur für die Baujahre 2000-2002 frei.
Für alle anderen Baujahre sind die normale Striker zu verwenden entweder mit Softtop- oder Hardtop-Verriegelung. Was dann auch wieder Sinn macht. Auch wird dies dadurch bestätigt, dass es 3 verschiedene Verriegelungen samt entsprechende Teilenummer gibt (1x für Bj 2000-2002 Softtop, 1x für Bj. 2003-2009 Softtop & 1x fürs Hardtop Bj. unabhängig). Von den Strikern gibt es aber nur 2 Varianten (EDIT)
Tja und wer die Hardtop-Striker auf ein Facelift montiert und damit mit Gewalt das Verdeck verriegelt, hat sehr wahrscheinlich die Verriegelung kaltverformt
In @Agent Orange verlinkten DIY-Thread wird ja auch noch bestätigt dass es beim ersten mal enorm schwer war das Verdeck zu verriegeln. Nach ein paar mal ist es dann auf einmal viel leichter
was absolut nicht sein kann, schließlich verschleißen die üblichen Striker auch nicht gleich nach den ersten Verriegelungen. Meine Verriegelung ging 8+Jahre immer gleich "schwer" zu.
EDIT:
Grade mal die Teilenummern geprüft und scheinbar gibt es doch 3 Varianten der Striker (siehe Teilnummern unten) 
Irgendwo ist hier der Wurm drin da eine Kombination nicht miteinander funktioniert kann?
Das Hardtop war erst ab 2001 erhältlich oder? Vllt. können diejenigen mit HT's was dazu sagen?
Anbei noch die Teilnummern der Verriegelungen.
Bj. 2000-2002 Softtop:
- 86250-S2A-013 (R)
- 86260-S2A-013 (L)
Bj. 2003-2009 Softtop:
- 86250-S2A-J01 (R)
- 86260-S2A-J01 (L)
Hardtop (Bj. unabhängig):
- 85100-S2A-901 (R)
- 85150-S2A-901 (L)
Teilenummern der Striker nach Baujahre:
Bj. 2000-2002:
Bj 2003-2009:
Bj. 2000-2009:
EDIT 2:
Anbei noch eine Bilderübersicht:


Von den Bj. 2000-2002 Strikern habe ich fast kein Bildmaterial gefunden. Bis auf die beiden im Vergleich mit den Hard Top Strikern. Ähneln doch sehr den HT-Strikern bis auf die markierten Unterschiede.
Hier gibts noch ein Bild von den Strikern samt Verriegleung
LINK
Bei den Verriegelungen sind die Unterschiede auch deutlich --> Haken Länge/Dicke, Gehäusegröße.
Eins ist sicher, die selben Baujahre passen zueinander dennoch bleibe ich bei der oben stehenden Aussage, dass die Hard Top Striker nicht zu der Verriegelung ab 2003 passen. Ich vermute daher das ab Bj. 2003 beim Softtop die Hard Top Verriegelung montiert werden muss wenn man HT und ST verwenden will.