Der graue wirkt auf mich auf den ersten Blick sympathisch 
Ob 06+ 15k mehr wert ist? Fahr einfach mal beides jeweils 1-2 Mal Probe. Ich hab einen aus dem Jahr 2000 und ich kann mir kaum vorstellen, dass es sich nochmal doppelt so gut anfühlen kann 
Ich denke, die 06+ sind vor allem aus Sammler-Gesichtspunkten die interessanteren. Bei den anderen musst du halt (vor allem im Regen) einen sensiblen Gas-Fuß haben und bei den 99-01 würde ich was am Fahrwerk und den Reifen machen.
s. hierzu:
S2000 History V1.2
https://www.youtube.com/watch?v=TEi0CjnIOW4
Die US-Version hat ab 2004 mehr Hubraum. Diese hat ein wenig mehr Peak-Drehmoment und dreht bis 8000, statt bis zu den üblichen 8900. Die Leistung im Rest des Drehzahlbandes soll auch ein wenig besser sein.
Kühlung: Es kommt häufig vor, dass die US-Versionen diverser Automobil-Hersteller schlechter gekühlt sind, als europäische oder asiatische Versionen (s. z.B. http://www.motor-talk.de/forum/335i-us-…e-t3932506.html).
Beim S2000 hatte ich bislang noch nicht davon gehört. Soweit ich weiß sind die sonst recht baugleich. Davon ab würde ich mir ohnehin einen Ölkühler einbauen. Das ist aber wieder persönliche Präferenz und hängt von der Fahrweise ab.
Rückruf-Aktionen in den Jahren 01 und 02 (aus S2000 History V1.2
- Neue Kupplung,
- Getriebe überarbeitet
- weisse Seitenblinker
- Öldüsen für die Kolbenbodenkühlung wurden ausgetauscht (ALLE bis dahin gebauten!)
- Kerzen (konnten sich lösen)
Wie wichtig könnte das sein?
Kupplung: Verschleißteil in meinen Augen, also nicht so wichtig
Getriebe: kann ich nicht beurteilen, da ich nicht weiß, was gemacht wurde
Seitenblinker: egal
Öldüsen: wurden afaik nicht nur ausgetauscht sondern es wurden auch zusätzliche Öldüsen installiert. Es ist jedoch nicht unüblich (und das nicht nur beim S2000-Motor (f20c), sondern auch bei anderen Honda-Motoren), diese komplett auszustöpseln, um mehr Öldruck im Rest des Systems zu haben oder weil man den Platz für die Kolben braucht (Stroker). Dazu gibt es viele verschiedene Meinungen aber selbst bekannte Ingenieure wie ERL sollen das wohl machen.
- Kerzen: es gab neue Kerzen und das vorgeschriebene Drehmoment zum Anziehen wurde erhöht (also auch egal)
Das hier könnte auch für dich interessant sein:
http://www.s2ki.com/s2000/topic/68…ions-1999-2009/
Ich persönlich würde nicht von US-Modellen abraten und könnte mir auch vorstellen, eines zu kaufen. Dazu würde ich vorher aber nochmal genau schauen, was 2001 am Getriebe gemacht wurde.
Du musst halt wissen, was du mit deinem Auto vorhast. Wenn du das noch nicht genau weißt, können auch die Probefahrten helfen, es herauszufinden.
Als Wertanlage würde ich mir aktuell einen 06+ kaufen, da es hiervon einfach wesentlich weniger gibt. Das würde für mich aber auch bedeuten, darauf zu achten, dass der Wagen nicht zu viele Kilometer sieht und, dass ich alles weitgehend original oder zumindest leicht rückrüstbar halte.
Plane ich viele Modifikationen (z.B. wegen sehr sportlicher Fahrweise, Rennstreckeneinsatz oder einfach, weil es gefällt), würde ich zu einem älteren Modell greifen.
Wenn ich das so Holz-Schnitt-artig betrachte:
Mehr Modifikationen geplant, viele Kilometer geplant --> Günstigeres, älteres Ausgangsmodell
Weniger Modifikationen, weniger Kilometer geplant --> Teureres, neueres Ausgangsmodell
Davon ab möchte ich aber nochmal betonen: ich kann mir nicht vorstellen, dass die MY06+ bei 100% Preiszuschlag auch 100% mehr Spaß machen 