Du hast zwar die mechanischen Komponenten getauscht, damit aber auch die Motorelektronik weiss, dass die Schlüssel "berechtigt" sind (mittels Transponder im Schlüssel), müssen die Schlüssel noch mittels Tester im Motor-Steuergerät freigeschaltet werden.
Ok Danke für die Info, diese Freischaltung kann dann nur vor Ort bei Honda getätigt werden oder geht so etwas auch mobil durch einen Drittanbieter in der Tiefgarage 
Sowohl als auch ; allerdings muss derjenige schon gut vertraut mit dem Honda System sein und ein HIM HDS System besitzen mit dem er das Programmieren kann. Frag doch mal bei Honda an was der Spass kosten würde .
Schade dass du bereits die Schlüssel & Schlösser hast ... Habe noch ein Set inkl. Steuergerät liegen.
EDIT: ahso noch was ; Legal geht es nur wenn Honda es direkt macht ! ( Da ein PCM Code eingegeben werden muss )
Waaa! Ich hab mit dasa Set für ne Zilliarden Euro neu gekauft 
Ist dann der Handler nach deinem S2000 gekommen?
Ich hätte dafür gesorgt das das Auto nach Honda kommt und du hättest Dir für 80+ 35€ Ein neuen Schlüssel machen lassen